[Эрик]

Автор Narcissa

Другая ли история совсем не ясно, не поясняется, Флинн говорил что ушёл из трёх приходов, и на это были причины. почему он так настаивал, что Алоизии надо было говорит со священником, а не с монахиней?

А на мой взгляд, ясно, что история была другая - возможно, роман с монахиней.

Автор Narcissa

И почему отцу Флинну так упорно молчать о том, что делал мальчик у него в кабинете?

Ну, на это вопрос ответ в фильме дается. В любом случае, он точно его не спаивал. И скорее всего, не растлевал.